Пирин е разположен в югозападния ъгъл на страната между долините на реките Струма и Места . На север граница с Рила е седловината Предел (1142 м), а на юг - Парилската седловина (1170 м), която отделя Пирин от планината Славянка. На изток от него е разположена планината Родопи, а на запад - Влахина, Малешевска и Огражден планина. В полите му са оформени и няколко полета като Разложкото, Гоцеделчевското и Петричко-Санданското. 
Площта му е 2585 квадратни километра, тоест той е сравнително компактна малка планина, което се потвърждава и от голямата му средна височина - 1033 метра.